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Prof. Aigner ist Vorstand der Chirurgischen Abteilung am Barmherzige Brüder Krankenhaus in Graz und europäischer Facharzt für Koloproktologie. Er unterrichtet als außerplanmäßiger Professor an der Charité Universitätsmedizin Berlin und an der Medizinischen Universität Graz und ist langjähriges Vorstandsmitglied der Deutschen Gesellschaft für Koloproktologie (DGK) und der Österreichischen Arbeitsgruppe für Coloproktologie (ACP). Seit Jahren ist er an der Organisation von Aus- und Weiterbildungskursen sowie an der Entwicklung von Leitlinien in kolorektaler Chirurgie im In- und Ausland beteiligt.