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Das Onkologische Zentrum des Universitätsklinikums Jena umfasst 16 Kliniken und Fachabteilungen, 7 Institute, 6 zertifizierte Organkrebszentren (Interdisziplinäres Brustzentrum, Gynäkologisches Krebszentrum, Hauttumorzentrum, Prostatakarzinomzentrum, Kopf-Hals-Tumorzentrum, Viszeralonkologisches Zentrum) sowie 4 Schwerpunkte (Hämatologische, Muskuloskelettale, Urologische und Gastrointestinale Tumoren).

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